Dalam UU No. 26 tahun 2000, pelanggaran HAM yang berat juga dapat diselesaikan melalui Komisi Kebenaran dan Rekonsiliasi (KKR). Tahun 2004 diundangkan UU No. 27 Tahun 2004 tentang KKR yang mempunyai tugas menyelesaikan pelanggaran HAM yang berat dimasa lalu dan menciptakan rekonsiliasi. Namun UU ini bertentangan dengan norma-norma hukum internasional dan merugikan kepentingan korban, sehingga dibatalkan oleh Mahkamah Konstitusi.

Di berbagai negara, KKR merupakan komisi yang mempunyai mandat khusus diantaranya untuk menyelidiki berbagai kasus-kasus HAM yang terjadi, memberikan rekomendasi untuk adanya penyelesaian pelanggaran HAM yang terjadi termasuk penuntutan pelaku, refomasi institusi yang mendukung terjadinya pelangaran HAM dan pemulihan kepada korban.